Sebuah peta bintang langka ditemukan dan para ilmuwan percaya bahwa peta tersebut menyimpan jawaban misteri asal-usul manusia di bumi. Tim penjelajah menggunakan pesawat ruang angkasa Prometheus berangkat ke kedalaman alam semesta untuk mengungkap kebenaran. Misi dipimpin oleh Kapten Janek. Meredith Vickers, melakukan hal-hal yang mencurigakan hingga tim lainnya mempertanyakan niat Meredith sesungguhnya. Saat misi dimulai, para kru menemukan peradaban modern. Walaupun tujuan tim membuka rahasia kemanusiaan tercapai, namun mereka segera dihadapkan dengan satu hal yang mengancam yang dapat menghancurkan peradaban tersebut selamanya.